Parallel Reaction Monitoring（PRM）是基于高分辨率、高质量精度质谱平台的靶向蛋白质定量技术，广泛应用于肿瘤标志物验证、药物靶点确认、信号通路研究等领域。相比选择反应监测（SRM/MRM），PRM 利用 Orbitrap 或 Q-TOF 等高分辨率质谱仪器记录全部碎片离子，提高了分析的选择性和准确性。本文将系统介绍PRM数据分析常用工具的原理、特点及适用场景，详细解析分析流程，并结合百泰派克生物科技在该领域的实践经验，帮助生命科学研究人员全面掌握这项关键技术。

一、PRM技术简介与数据分析需求

PRM 是基于数据依赖获取（DDA）或先验知识构建靶标肽段列表，在高分辨质谱仪中通过选择一级母离子（precursor）并采集所有对应的二级碎片离子（fragment ion），实现高特异性、高重现性的靶向定量。由于 PRM 产生的数据包含多个离子的色谱峰信息，分析时需要从原始数据中提取、校准、积分、标准化并进行统计比较，这对分析软件提出了较高要求。因此，选择合适的工具尤为关键。

二、主流PRM数据分析工具详解

1、Skyline：开放、灵活且功能强大的首选工具

Skyline是由华盛顿大学MacCoss实验室开发的免费开源软件，广泛支持PRM、SRM、DIA、MS1全扫描等模式。其高度模块化、强大的图形界面和活跃的用户社区，使其成为 PRM 分析的事实标准。

（1）功能亮点

• 支持 Thermo、SCIEX、Agilent、Waters 等主流平台的原始数据导入
• 与光谱库（如 NIST、PeptideAtlas、DIA-NN）无缝对接，提升肽段识别准确性
• 可视化程度高：支持 XIC（提取离子色谱图）图谱和峰面积手动校正
• 内置多种归一化策略（总离子强度、内标、对等肽段）
• 支持多种格式导出结果，便于进一步统计分析（如导入 R 或 Python）

（2）分析流程概览

• 导入原始数据（Thermo .raw、.mzML 等格式）
• 构建靶标肽段列表（可来自 DDA、公开数据库或手动定义）
• 提取碎片离子色谱图并进行峰识别
• 手动或自动进行积分与定量
• 使用 QC 肽段进行标准化，生成定量报告

Skyline 在科研人员中口碑极佳，适合对数据透明性和可重复性要求高的基础研究项目。

2、SpectroDive：为商业化项目设计的高通量分析工具

SpectroDive是瑞士Biognosys公司推出的一款商业软件，专为PRM和MRM数据设计，具备更强的自动化和统计处理能力，适合工业级应用和大规模多中心验证项目。

（1）软件优势

• 自动化程度高，适合非程序员用户快速上手
• 可通过 UI 直观设置肽段库、内标、定量规则和统计阈值
• 支持异构样本比对、多组学联合分析
• 输出图形美观、报告专业，便于直接用于项目交付或发表

（2）推荐应用

• 生物标志物临床前验证
• CRO/CMO 服务中的标准化定量流程
• 需要快速交付和 GMP 环境支持的项目

3、OpenSWATH + pyProphet：兼容DIA的高通量替代方案

OpenSWATH原用于DIA分析，但配合pyProphet进行靶向肽段选择和结果统计，也可以进行PRM数据分析，特别适合需要验证 DDA/DIA 发现结果的用户。

（1）工具组合特点

• 开源、模块化，可与 Nextflow、Galaxy 等数据流程平台集成
• 提供打分机制（m-score）判断肽段可靠性
• 与 TRIC 等工具结合实现跨批次对齐与归一化

（2）适用范围

• 大规模筛选结果的后期验证
• 项目开发初期数据探索阶段
• 自动化处理流水线构建

三、百泰派克生物科技：一站式PRM分析解决方案

在百泰派克生物科技，我们依托Thermo Orbitrap Fusion Lumos 与Exploris系列平台，结合Skyline分析流程，提供从靶标筛选到数据解读的全流程PRM分析服务。我们的技术特色：

1、高精度仪器平台：支持多级质谱（MSn）、自动极性切换与动态范围拓展

2、标准化肽段数据库：基于多项目经验构建的高覆盖率、高特异性靶标库

3、质量控制体系：包括稳定同位素内标、QC 肽段监控与批间效应修正

4、定制化数据报告：根据客户需求输出图表化报告、统计分析结果和原始数据结构

PRM 作为现代蛋白组学中最具潜力的靶向定量技术之一，正逐步从科研走向产业落地。选择合适的PRM数据分析工具（如 Skyline 的灵活性、SpectroDive 的自动化或 OpenSWATH 的高通量兼容），将直接决定实验结果的可靠性和可解释性。百泰派克生物科技始终致力于将前沿质谱技术与标准化数据分析相结合，为科研人员和企业客户提供高质量、高效率的蛋白定量解决方案。如果您有相关项目需求，欢迎随时联系我们获取免费评估与定制方案建议。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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