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代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物（MW〈1000），主要是尿液、血浆或血清、唾液以及细胞和组织的提取液。

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天然产物是极其丰富的化学多样性资源，是筛选具有药理活性小分子的理想来源。

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